​Municipios del departamento

En total son 21 municipios: San Pedro del Ykuamandyju, capital departamental; Antequera, Capiibary, Chore, General Elizardo Aquino, General Isidoro Resquín, Guayaybi, Itacurubi del Rosario, Liberación, Lima, Nueva Germania, San Estanislao, Santa Rosa del Aguaray, San Vicente, San Pablo, Tacuatî, Unión, 25 de Diciembre, Villa del Rosario, Yataity del Norte y Yrybukua.